Έντονες αντιδράσεις προκάλεσε η μη μετάδοση του μηνύματος του Πάπα Φραγκίσκου κατά τη συνάντησή του με τον Αλέξη Τσίπρα, λίγο μετά την άφιξη του Ποντίφικα στη Λέσβο. Η ΕΡΤ μετέδωσε μόνο το μήνυμα του Έλληνα πρωθυπουργού και όταν ήρθε η σειρά του Πάπα, άρχισε να μεταδίδει εικόνες του άδειου αεροσκάφους με το οποίο ο ίδιος έφτασε στο νησί.
Αυτό είχε ως αποτέλεσμα το μήνυμα του Ποντίφικα για την προσφυγική κρίση να μην ακουστεί ποτέ, κάτι που άρχισαν να κατακρίνουν έντονα οι χρήστες στα social media, προσάπτοντας ευθύνες στην ΕΡΤ για το λάθος.
Η παρουσιάστρια της έκτακτης εκπομπής της ΕΡΤ σχολίασε τις αντιδράσεις on air ξεκαθαρίζοντας πολλάκις πως «αυτά που μεταδίδει η ΕΡΤ είναι όσα επιτρέπει η εθιμοτυπία και το πρωτόκολλο». Χαρακτήρισε, δε, «κακόβουλα» τα σχόλια και τα δημοσιεύματα ότι «δήθεν απέκρυψε κάποιους από τους διαλόγους που είχε ο πρωθυπουργός με τους τρεις προκαθήμενους».
Διευκρίνισε, μάλιστα, πως η κάμερα του Βατικανού και όχι της ΕΡΤ είναι εκείνη που μπαίνει μέσα στις κατ' ιδίαν συναντήσεις του Πάπα.