Σχεδόν μια δεκαετία κράτησε η διαμάχη για την κοπή δέντρων απ' την αυλή του "Παπαφείου", στο πλαίσιο των εργασιών για την ολοκλήρωση του ομώνυμου σταθμού από την "Αττικό Μετρό Α.Ε". Τελικά, η υπόθεση έκλεισε καθώς και απ' την τελευταία εισαγγελική έρευνα δεν προέκυψε καμία παρανομία και η δικογραφία τέθηκε στο αρχείο.
Την αρχειοθέτηση ενέκρινε ο εισαγγελέας διαφθοράς Θεσσαλονίκης Αργύρης Δημόπουλος, μετά το πέρας της προκαταρκτικής εξέτασης που παρήγγειλε ο ίδιος, τον Δεκέμβριο 2014. Δεν προέκυψαν ενδείξεις ενοχής εις βάρος οποιουδήποτε προσώπου για την τέλεση αξιόποινων πράξεων, σύμφωνα και με την επίκουρη εισαγγελέα διαφθοράς Χριστίνα Καπαμά η οποία έθεσε την υπόθεση στο αρχείο λόγω αβασιμότητας των καταγγελλομένων.
Υπήρξαν αντιδράσεις παλαιών τροφίμων, οικολογικών οργανώσεων κ.α που κατήγγειλαν την καταστροφή του πευκώνα. "Το ΜΕΤΡΟ θέλει να κόψει 127 δέντρα με τις ευλογίες της Μητρόπολης Θεσσαλονίκης" έγραφε στο πιο πρόσφατο δημοσίευμα που αναρτήθηκε στο διαδίκτυο, το 2013, στην ιστοσελίδα "metro.thessalonikis"ενώ τρεις δικογραφίες σχηματίστηκαν μετά τις καταγγελίες του Πανελλήνιου Συνδέσμου Ορφανοτροφείων Ελλάδος, του Συνδέσμου "οι φίλοι του Παπάφη" κι ενός ιδιώτη.
Σύμφωνα με τα καταγγελλόμενα:
"Ο διοικητής και ο υποδιοικητής του αστυνομικού τμήματος Τούμπας -Τριανδρίας, κατά παράβαση του υπηρεσιακού τους καθήκοντος, αδιαφόρησαν για την "αυθαίρετη" κοπή 25 δένδρων, στην αυλή του ιδρύματος, από την Αττικό Μετρό Α.Ε .
Επίσης, ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, ως πρόεδρος του "Παπαφείου", έλαβε παράνομα 980.000 ευρώ από την εταιρεία για την εγκατάσταση του εργοταξίου εντός της ιδιοκτησίας του ιδρύματος ενώ εκκρεμούσε η εκδίκαση αίτησης ασφαλιστικών μέτρων και υπήρχε απόφαση του ΣτΕ και της πολεοδομίας για διακοπή των εργασιών".
Με νέα καταγγελία, τα παραπάνω, τέθηκαν υπόψη του εισαγγελέα διαφθοράς Θεσσαλονίκης Αργύρη Δημόπουλου ο οποίος παρήγγειλε τη διενέργεια προκαταρκτικής εξέτασης από το ΣΔΟΕ για να διαπιστωθεί αν τελέστηκαν τα αδικήματα της απιστίας ή της υπεξαίρεσης στην υπηρεσία εις βάρος Νομικού Προσώπου Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ).
Στο πλαίσιο της έρευνας, κλήθηκαν να καταθέσουν: Ο καταγγέλλων ιδιώτης προκειμένου να προσκομίσει αντίγραφο της επικαλούμενης απ' αυτόν απόφασης του ΣτΕ για την διακοπή των εργασιών. Οι νόμιμοι εκπρόσωποι της εταιρίας "Αττικό Μετρό Α.Ε" και του ΝΠΔΔ με την επωνυμία "Παπάφειον Κέντρον Παιδικής Μέριμνας Αρρένων, "Ο Μελιτεύς"", σχετικά με τη διαφορά που ανέκυψε για την εγκατάσταση εργοταξίου της εταιρίας σε απαλλοτριωθείσα έκταση του ιδρύματος.
Από την προκαταρκτική εξέταση του ΣΔΟΕ προέκυψαν τα εξής: Η απόφαση του ΣτΕ που επικαλέστηκε ο καταγγέλλων, περί αναστολής των σχετικών υπουργικών αποφάσεων, δεν έχει εκδοθεί . Το "Παπάφειο" είχε καταθέσει δύο αιτήσεις ακύρωσης ωστόσο παραιτήθηκε από τα δικόγραφα των αιτήσεων , τέλος του 2012. Διότι διασφαλίστηκε η νομιμότητα της διαδικασίας για την "Αττικό Μετρό Α.Ε" με τη σύναψη σύμβασης, σύμφωνα με τον Αστικό Κώδικα, που παρακάμπτει δυσκολίες, επιτρέποντας τη χρησιμοποίηση του ακινήτου όταν πρόκειται για έργο κοινής ωφέλειας.
Το 2010 υπογράφηκε μεταξύ της εταιρίας και της 4ης Υγειονομικής Περιφέρειας Μακεδονίας Θράκης πρωτόκολλο παράδοσης- παραλαβής επιφάνειας 6.735 τ.μ, από τον αύλειο χώρο του ιδρύματος. Εκδόθηκε Κοινή Υπουργική Απόφαση για την αναγκαστική απαλλοτρίωση ακινήτου έκτασης 907 τ.μ για την κατασκευή του σταθμού Παπάφη. Και κατατέθηκε στο Ταμείο Παρακαταθηκών και Δανείων, ποσό 2,5 εκατ.ευρώ υπέρ των δικαιούχων της αποζημίωσης, με δικαστική απόφαση.
Με συμβολαιογραφική πράξη ,τον Οκτώβριο του 2012, δόθηκε στην εταιρία έκταση 2.250 τ.μ του ακινήτου του Παπάφειου για την υπόγεια κατασκευή εγκαταστάσεων και την τοποθέτηση μηχανημάτων. Η εταιρία κατέβαλε 765.672 ευρώ σε λογαριασμό του ιδρύματος που, προηγουμένως, παραιτήθηκε από τις αιτήσεις ακύρωσης προς το Συμβούλιο της Επικρατείας. Από κανένα στοιχείο δεν προέκυψε η κατάθεση χρηματικού ποσού με οποιαδήποτε παρέμβαση του Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης που εκτελεί καθήκοντα πρόεδρου του Δ.Σ.
Η κοπή των δέντρων,που ήταν αναγκαία για την κατασκευή του έργου, τελικά εγκρίθηκε με έγγραφο της Εφορείας Νεωτέρων Μνημείων Κεντρικής Μακεδονίας, χωρίς μεσολάβηση της Διεύθυνσης Δόμησης του δήμου Θεσσαλονίκης, καθώς υπήρχε άδεια που εξέδωσε ο υπουργός Περιβάλλοντος Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων (ΠΕΧΩΔΕ).
Οι δύο αξιωματικοί της ΕΛ.ΑΣ προέκυψε ότι υπέβαλλαν σχετικές αναφορές αρμοδίως, μετά τις καταγγελίες του ιδιώτη.