Στα χρόνια της οθωμανικής κατάκτησης η Έδεσσα είχε 9 τζαμιά, όλα πολυτελή και σε πλήρη χρήση για συνάθροιση και προσευχή των μουσουλμάνων της πόλης και της γύρω περιοχής.
Σήμερα απόμεινε μόνο το Γενί Τζαμί (Yeni Cami) με τη μοναδική αρχιτεκτονική, τον ιδιαίτερο ζωγραφικό διάκοσμο στον τρούλο και την ενδιαφέρουσα ιστορία, ενώ το Χιουνκιάρ Τζαμί, δίπλα στο ρολόι, άλλαξε μορφή και χρήση με το πέρασμα του χρόνου.
Το Γενί Τζαμί βρίσκεται στην πλατεία Μουσείου, σε κεντρικό σημείο της Έδεσσας και κοντά στο παλιό 2ο Δημοτικό Σχολείο. Πρόκειται για κτήριο διαστάσεων 15Χ20μ. και ύψους 16μ. με επιμελημένες αναλογίες και συνολικά 33 παράθυρα, τα οποία επιτρέπουν να εισέρχεται και να διαχέεται άπλετο φως στο εσωτερικό του. Το μνημείο ανήκει στον πιο διαδεδομένο τύπο οθωμανικών τεμένων, με τετραγωνικής κάτοψης αίθουσα προσευχής, κιονοστήρικτη ανοιχτή στοά (ρεβάκ), μιναρέ που εδράζεται σε ορθογωνική βάση στην εξωτερική δυτική γωνία του κύριου κτίσματος. Ο διάκοσμος της αίθουσας προσευχής είναι ζωγραφικός και αναπτύσσεται στο σύνολο των επιφανειών των τοιχοποιιών και του τρούλου. Η επιμήκης, ανοιχτή στοά διαμορφώνεται με τέσσερις κίονες, οι οποίοι στηρίζουν επτά τόξα που φέρουν τρεις μικρούς τρούλους. Ο μιναρές αποτελείται από βάση που εξελίσσεται σε κόλουρη πολυπρισματική πυραμίδα, ύψους 3,40 μέτρων, και σε κυλινδρικό κορμό, ύψους 11,45 μέτρων, μέχρι τον εξώστη και σε ένα μικρότερης διαμέτρου κυλινδρικό τμήμα. Ο ζωγραφικός διάκοσμος του τρούλου διατηρείται σε μέτρια κατάσταση, ενώ παρατηρούνται σημαντικά προβλήματα υγρασίας και ανάπτυξης βλάστησης λόγω ελλιπούς στεγάνωσης. Η ζωγραφική διακόσμηση οργανώνεται σε ακτινωτή διάταξη. Τριγωνικά διάχωρα κοσμούνται από επαναλαμβανόμενα γεωμετρικά σχήματα και φυτικά μοτίβα, αστέρια με ημισελήνους και καρδιόσχημες αχιβάδες, στοιχεία που ανήκουν στο καλλιτεχνικό λεξιλόγιο του 19ου αιώνα, ενώ περιφερικά, στη βάση του τρούλου, αποτυπώνονται αποσπάσματα από το Κοράνι.
Με βάση γνωστές πηγές και συγκεκριμένα αναφορές από τον Τούρκο περιηγητή Εβλιγιά Τσελεμπή το 1668, αλλά και από τη μελέτη των μορφολογικών χαρακτηριστικών, η ανέγερσή του τοποθετείται με ασφάλεια στο πρώτο μισό του 17ου αιώνα. Το Γενί Τζαμί της Έδεσσας είναι επηρεασμένο από τη βυζαντινή αρχιτεκτονική, χτισμένο στα πρότυπα της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη, γεγονός που ενισχύει την ιδιαιτερότητά του. Στις αρχές του 20ου αιώνα το τζαμί λειτουργούσε ως κρατητήριο και το 1924 πέρασε στην κυριότητα της Υπηρεσίας Διαχειρίσεως Ανταλλάξιμων Μουσουλμανικών Κτημάτων, ενώ το 1937 κηρύχθηκε διατηρητέο μνημείο. Την περίοδο της Κατοχής και συγκεκριμένα το 1942 ξεκίνησε να λειτουργεί ως Μουσείο της Έδεσσας και έκτοτε καλύπτει τις ανάγκες των αρχαιολόγων, καθώς φυλάσσονται εκεί ευρήματα από τις ανασκαφές.
Το υπουργείο Πολιτισμού, προχωρά στην αποκατάσταση και ανάδειξη του μνημείου και ήδη έχουν ολοκληρωθεί η αρχιτεκτονική, η στατική και η ηλεκτρομηχανολογική μελέτη.
Η στατική μελέτη προτείνει τη συντήρηση και αποκατάσταση της επιστέγασης, την αποκατάσταση των σφονδυλωτών κιόνων του προστώου, τις αναδομήσεις-συρραφές των ρωγμών, την αποκατάσταση - ενίσχυση του μιναρέ, την κατασκευή περιμετρικού αποστραγγιστικού συστήματος.
Η αρχιτεκτονική μελέτη, ως προς το τέμενος, περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, προτάσεις για επεμβάσεις που αφορούν στην προσεκτική αφαίρεση των βυζαντινών κεραμιδιών της στέγης, προκειμένου να επανατοποθετηθούν εκείνα που βρίσκονται σε καλή κατάσταση, στην εξυγίανση των θόλων με προσοχή στον εσωτερικό τοιχογραφικό διάκοσμο, στην αποκατάσταση της κωνικής απόληξης του μιναρέ, στην καθαίρεση των σαθρών και νεωτερικών αρμολογημάτων και στην αντικατάστασή τους με νέα, από συμβατά υλικά.
Οι μελέτες ηλεκτρομηχανολογικών εγκαταστάσεων περιλαμβάνουν αυτές του φωτισμού για την ανάδειξη των εξωτερικών όψεων και του εσωτερικού του τεμένους, της ηλεκτρικής εγκατάστασης, του κλιματισμού, αποχέτευσης και ύδρευσης, μέτρα πυροπροστασίας, μελέτη συστήματος αντικεραυνικής προστασίας.
«Οι αρμόδιες υπηρεσίες του υπουργείου Πολιτισμού συνεργάζονται στενά με τους τοπικούς φορείς για την ολοκλήρωση του έργου της αποκατάστασης, ώστε το Γενί Τζαμί να ενταχθεί λειτουργικά στην πολιτιστική ζωή της πόλης, ενισχύοντας συγχρόνως τον μνημειακό της πλούτο. Η Έδεσσα συνδυάζει πολιτιστικό απόθεμα όλων των περιόδων και ένα φυσικό περιβάλλον που της προσδίδουν τις προϋποθέσεις για να αναδειχθεί σε προορισμό υψηλής επισκεψιμότητας», αναφέρει η υπουργός Πολιτισμού, Λίνα Μενδώνη.