Τη «βαθιά» πολιτική κρίση που συνεχίστηκε το 2016 και «επιδεινώθηκε από την προσπάθεια να δοθεί χάρη σε άτομα που έχουν κατηγορηθεί για εμπλοκή στο σκάνδαλο με τις υποκλοπές», υπογραμμίζει η έκθεση προόδου της Κομισιόν για τη Διεύρυνση που αφορά την Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας. «Η συμφωνία Pržino έχει υλοποιηθεί εν μέρει», αναφέρει η έκθεση, ενώ καταγράφει «περιορισμένη πρόοδο» όσον αφορά την εφαρμογή του μεταρρυθμιστικού πακέτου που έχει συστήσει η Επιτροπή. Ωστόσο, όπως επισημαίνει η Επιτροπή, οι συμφωνίες και οι σημαντικές αποφάσεις που ελήφθησαν το καλοκαίρι του 2016, οι οποίες «ανοίγουν τον δρόμο για πρόωρες βουλευτικές εκλογές", προσφέρουν «μια ευκαιρία για τους ηγέτες της χώρας προκειμένου να ξεπεραστεί τελικά η μακροχρόνια κρίση».
Σε ό,τι αφορά το θέμα της ονομασίας, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή τονίζει πως «πρέπει να επιλυθεί επειγόντως» και προσθέτει πως «έχουν σημειωθεί βήματα για τη βελτίωση των καλών γειτονικών σχέσεων, συμπεριλαμβανομένης της πρόσφατης προόδου στην εφαρμογή των μέτρων οικοδόμησης εμπιστοσύνης με την Ελλάδα». Όπως σημειώνεται, αυτά τα μέτρα έχουν αρχίσει να αποφέρουν «ορατά αποτελέσματα».
Ειδικότερα, η έκθεση επισημαίνει πως κατά την περίοδο στην οποία εστιάζει η αξιολόγηση «οι σχέσεις με την Ελλάδα συνέχισαν να επηρεάζονται από το ζήτημα της ονομασίας» και πως δεν πραγματοποιήθηκαν «επίσημες συνομιλίες για το θέμα αυτό υπό την αιγίδα του ΟΗΕ». Ωστόσο αναφέρει πως «άμεσες επαφές μεταξύ των δύο υπουργείων Εξωτερικών και πολιτικές διαβουλεύσεις διεξήχθησαν σε επίπεδο πολιτικών διευθυντών και νομικών εμπειρογνωμόνων». Η έκθεση κάνει αναφορά επίσης στην επίσκεψη του υπουργού Εξωτερικών της ΠΓΔΜ Νίκολα Ποπόσκι στην Αθήνα τον περασμένο Δεκέμβριο καθώς και στην τελευταία επίσκεψη του Έλληνα υπουργού Εξωτερικών, Νίκου Κοτζιά, τον Αύγουστο του 2016.
Σε ό,τι αφορά το μεταναστευτικό, αναφέρει πως «παρά το γεγονός ότι η μεταναστευτική κρίση δοκίμασε τις διμερείς σχέσεις, είχε τελικά θετική επίδραση στη συνολική διμερή συνεργασία» και πως «οι οικονομικές και εμπορικές σχέσεις συνεχίστηκαν κανονικά».